1978年4月,經省革委會批準正式恢復吉林省民族事務委員會(吉革發[1978]78號),內設機構5個:秘書處、宗教處、一處、二處、三處。

1991年7月,經省編委批準(吉編行字[1991]150號),省宗教事務局由原來的民族事務委員會歸口管理改為省政府直接領導,比照副廳級機構待遇。

1994年8月,經省政府批準(吉政辦發[1994]75號),省民族事務委員會與省政府宗教事務局一個機構,兩塊牌子,是省政府主管民族宗教工作的職能部門。內設機構7個:辦公室、政法處、經濟處、文教處(吉林省人民政府少數民族語文工作辦公室)、宣傳處、宗教事務處、人事監察處,設機關黨委(不在內設機構之列,下同)。

2000年7月,經省政府批準(吉政辦發[2000]35號),吉林省民族事務委員會(吉林省宗教事務局)為主管民族宗教的省政府組成部門。內設機構7個:辦公室、政策法規處、經濟發展處、文教宣傳處(東北三省朝鮮語文協作領導小組辦公室、吉林省人民政府少數民族語言文字工作辦公室)、宗教事務一處、宗教事務二處、人事監察處,設機關黨委。

2002年5月,經省機構編制委員會辦公室批準(吉編辦[2002]82號),增設宗教綜合處。

2004年6月,經省政府批準(吉政辦發[2004]30號),對省民委(宗教局)內設機構進行調整,增設宗教事務三處。

2007年8月,經省機構編制委員會辦公室批準(吉編辦[2007]220號),單獨設立省少數民族語言文字工作辦公室,加掛東北三省朝鮮語文協作領導小組辦公室的牌子。

2009年3月,經省政府批準(吉政辦發[2009]16號),在法規處加掛監督檢查處牌子,確定委(局)內設機構10個:辦公室、法規處(監督檢查處)、經濟發展處、文教科技處、省少數民族語言文字工作辦公室(東北三省朝鮮語文協作領導小組辦公室)、宗教綜合處、宗教一處、宗教二處、宗教三處、人事處、設機關黨委。

2011年3月,經省機構編制委員會辦公室批準(吉編辦[2011]86號),調整省民委(宗教局)內設機構,撤銷宗教綜合處,單獨設立監督檢查處。

2014年5月,經省機構編制委員會辦公室批準(吉編辦[2014]47號),增設朝鮮語文協作處,少數民族語言文字辦公室不再加掛東北三省朝鮮語文協作領導小組辦公室牌子。

調整后,省民委(宗教局)內設機構11個:辦公室、法規處、監督檢查處、經濟發展處、文教科技處、省少數民族語言文字工作辦公室、朝鮮語文協作處、宗教一處、宗教二處、宗教三處、人事處,設機關黨委。

2018年12月，經省委辦公廳批準（吉廳字[2018]68號），對省民委（宗教局）機構定性調整為“吉林省民族事務委員會（吉林省宗教事務局）是省政府組成部門，為正廳級，歸口省委統戰部領導”。